It wasn't clearly in the beginning. Де помилка?

У вашому реченні є помилка у вживанні слова clearly.

Clearly — це прислівник (відповідає на питання як?). А тут потрібно прикметник, бо йдеться про стан речі (було не ясним).

Правильний варіант:

It wasn't clear in the beginning. - На початку це було неясно.

Чому?

clear — прикметник (який? — ясний) ✔

clearly — прислівник (як? — ясно)