The lessons aren’t short. It’s very long. Де помилка?

Займенник It це непрямий відмінок займенників he (він) та she (вона). Його можна було використати у реченні:

The lesson isn’t short. It’s very long - Урок не короткий. Він дуже довгий

I see a car. It’s very old - Я бачу машину. Вона дуже стара

The course isn’t short. It’s long but very effective - Курс не короткий. Він довгий, але дуже ефективний

У вашому випадку The lessons заміняє займенник They (вони), який використовується без дієслова, а значить додаємо форму дієслова to be - are:

The lessons aren’t short. They’re very long - Уроки не короткі. Вони дуже довгі