Для цього вам потрібно:
1. Використати флаг GLOB_BRACE для розкриття можливості використання {,.} для збігу з символами, які не входять в групу [].
2. Видалити з результату поточну директорію (.) та складову шляху (..) [!.,!..].
glob($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/{,.}[!.,!..]*', GLOB_BRACE);